[programmer]

Возможно ли настроить схему в Автограф 5 ПРО так, чтобы при запуске авторизация пользователя производилась один раз для всех модулей подключенных в схеме, но при этом логин/пароль в схеме не сохранялись?

Сейчас будем разбираться, но скоро не обещаю. Там много, что нужно переписывать с 0. Так же, как и прокси.

При загрузке Автограф 5 ПРО, в окне "Устройства" группы всегда свернуты.

Нет. При запуске разворачивается группа с последним выбранным ТС.

Есть ли настройка позволяющая "запоминать" состояние окна "Устройства"

Можно сделать.

Имеется ли специализированный инструмент для оперативного контроля состояния транспортных средств?

Есть и инструменты, и способы. Опишите, что Вы хотели бы получить.

Подскажите способ, как отображать на карте только конкретный выбранный объект, а не всю группу?

Перейдите в режим трека, установите "С начала суток" (или т. п.) и увидите не только объект, но и его последний трек.