А чем линукс решает вашу проблему ???
Имхо виртуалка с XP намного проще.
Диспетчеру ничему и не придется учиться - особенно, если при запуске виртуалки автоматически запускать ПО АвтоГРАФ. По сути для него это и будет ВТОРЫМ (третьим, четвертым, пятым... десятым) окном программы, как Вы и хотите. При этом все копии будут полноценно функционировать совершенно не мешая друг другу.
Виртуалка ХР, кстати, изначально встроена в 7-ку... достаточно скачать соответствующее дополнение с офсайта майкрософт.
Так и называется: Windows XP Mode
http://windows.microsoft.com/ru-RU/w...indows-xp-mode
http://windows.microsoft.com/ru-RU/w...e-in-windows-7
Есть и масса других виртуалок - платных и бесплатных...