[SK]

Ну, то, что Вы считали по USB - оно понятно, что никуда из ПО не денется.
Почему нет данных с сервера - вопрос.
В первую очередь, нужно понять: поступают ли данные от терминала на сервер вообще ?

Ну а что касается диспетчерского софта:
1. Должен быть правильно прописан адрес сервера и порт (не должно быть соединения через прокси).
1.1 Если соединение через прокси - должны быть настроены параметры прокси.
2. В папку DBF должен быть скопирован atg-файл с верным паролем от терминала
3. Терминал (машина) должен быть занесен в карлист.
4. Должна быть установлена галочка "Принимать онлайн-данные".
5. Нажать кнопку приема данных.
Всё.
Если на сервере все работает - то данные будут поступать в диспетчерское ПО.