Показания одометра и не могут совпадать с навигацией.
Расхождение одометра с реальными данными могут достигать цифры, близкой к 20% при неблагоприятном стечении факторов, но реально обычно ближе к 7% (5...10%).
Основная проблема в том, что показания одометра идут с вала, а не с обода колеса (правда и там есть фактор проскальзывания на скользкой или сырой дороге).
Список факторов, влияющих на показания одометра очень немаленький: ряд типовых факторов, влияющих на погрешность одометра был достаточно подробно описан в журнале "ЗА РУЛЕМ" несколько лет назад:
http://www.zr.ru/content/articles/14001-skorostemer/
На самом деле он еще больше. Помимо самой погрешности механики, её износа, проскальзывания и т.п., влияет всё, что меняет реальный радиус шины относительно того, на котором калибровался одометр. Это и давление в шине и гружена/не груженая машина и многое другое...