[SK]

а вот это плохо.
выход из ситуации может быть найден?

Ну вы что, никогда обновляторами не пользовались ?
2ГИС например, Google или еще какими-то...
Это, как правило, отдельный исполняемый файл (или служба, которая может вообще всегда висеть в системном трее рядом с часиками), который и производит загрузку, распаковку и установку обновлений. В т.ч. умеет закрывать окно программы.
И не надо это делать простым копированием/перезаписью файлов через сервер. Для этого есть инсталляционные пакеты, которые не только умеют копировать файлики в папку программы, но и могут производить различные операции. Например, запись нужных ключей в реестр, регистрацию DLL и т.п.
В конце концов, программа через сервер может скачать такой пакет, запустить его, а он уже закроет окно программы и выполнит все необходимые для обновления действия. Как и делается многими известными программами.