Слои в нормальном понимании когда включается сразу несколько слоев АГ на текущий момент не понимает.
В вашем случае можно сделать КТ.
В клиентском ПО идете в Настройка, контрольные точки.
Как это работает советую почитать в инструкции.
На карте это будет выглядеть вот так к примеру:
http://saveimg.ru/show-image.php?id=...bd924ae25394d8